Podstawowym celem Mazowieckiej Agencji Energetycznej jest wspieranie wykorzystania odnawialnych źródeł energii, wdrażania rozwiązań racjonalizujących użytkowanie energii oraz promocja regionalnego podejścia do energetyki.

Główne działania Agencji są skupione wokół 7 priorytetowych potrzeb regionu w dziedzinie zrównoważonej energii:

• wkład w realizację celów krajowych i regionalnych w zakresie odnawialnych źródeł energii oraz sprawności energetycznej,
• zrównoważone korzystanie z regionalnych zasobów energii – planowanie i programowanie rozwoju lokalnego,
• kwestie energetyczne na terenach wiejskich – rolnictwo jako dostawca i jako końcowy użytkownik energii,
• trudne zadania energetyczne w rozwijającym się obszarze metropolitalnym wokół miasta stołecznego Warszawa,
• specyficzne problemy energetyczne w powiatowych miastach w regionie,
• promowanie regionu wśród podmiotów inwestujących w energię odnawialną,
• monitorowanie działań związanych ze zrównoważoną energią w regionie.